连花清瘟胶囊中含有石膏、薄荷脑、甘草等多种成分，药性偏寒凉，久服、大量服用，容易出现脾胃阳虚现象；或者服药者本身体质虚寒，服药后可能加重脾胃虚寒症状，因此如无明显感冒症状，不要用此药物治疗。
莲花清瘟胶囊具有抗病毒的功效。实验表明，连花清瘟可明显减少金黄色葡萄球菌感染的死亡数，对流感病毒、副流感病毒1型(HVJ-1)、呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒3型和7型(ADV3和ADV7)、单纯疱疹病毒1型(HSV-1)和2型、SARS病毒、金黄色葡萄球菌、甲、乙型溶血性链球菌、肺炎球菌、流感杆菌均有一定的抑制作用。
循证医学研究发现，连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与达菲无差异；在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面优于达菲。