南京公积金的缴存基数每年7月份都会例行调整，从当年的7月到次年的6月，执行同一个缴存基数，依据人社部门公布的上一年度职工的平均工资和最低工资，因此每年都会调整。从2016年7月1日开始，南京调整住房公积金缴存基数。
2016年7月-2017年6月南京公积金缴存基数为：
2015年度职工个人月平均工资，最高不超过市统计局公布的南京市2015年在岗职工月人均工资的3倍(20200元)，最低不低于南京市2016年职工最低工资标准(目前南京最低工资标准为1770元/月)。
即1770元≤缴存基数≤20200元
按照缴存比例8%-12%，及单位和个人缴存比例1：1计算，南京在职职工的公积金每月最低缴存额为260.8元(1630元×8%×2)，比之前的236.8元提高了24元;每月最高缴存额可以达到3888元(16200元×12%×2)”，与去年南京公积金的个人最高缴存3648元相比，今年增加了240元。南京市公积金管理中心相关人士表示，每个单位的工资数有高有低，每名职工的公积金缴存额自然有所分别。比如某单位职工的月平均工资为6000元，缴存比例为12%，那么其个人每月缴存的公积金就是720元，加上单位支付的另一半，该职工的公积金账户每月缴存金额就是1440元;有的职工月均工资为3000元，那么公积金月缴存额就是720元。