两千多万年前，长江上游的地壳发生过强烈运动。在高温与高压的作用下，岩浆同有机物、无机物混合，形成了各种颜色的岩石。经过长期的风化作用和长江流水的磨洗以及相互冲撞摩擦，这些石头便成了光滑小巧的雨花石。这些石子沉积于江底，越积越多，以致江道淤塞，江水改道流向大海，南京便成了陆地。这就是南京有雨花石的原因。
南京雨花台的雨花石名闻天下，它们大小不一、形状各异，每逢降雨，雨滴打湿石子后更是色彩斑斓、鲜艳夺目，因此得名”雨花石”。如此漂亮的雨花石是从哪里来的呢？原来，它们来自长江上游。2000多万年前，长江上游的地壳曾发生过强烈运动，在高温、高压的作用下，岩浆与一些有机物和无机物混合，形成了各种颜色的岩石。这些岩石本来是很大的，但经过长时间的日晒雨淋，风化成一块块的小石块。它们被流水带入长江上游水中，长江水又把它们从上游冲到南京。当时南京一带地势平坦，长江水流至此地，流速减缓，小石子便被沉积在这段河床底部。小石子从上游山区长途跋涉到南京，在河水的冲洗及石子之间的互相冲撞和摩擦之下，个头变小，棱角也被磨去，便形成了今天的卵形的雨花石。