支付宝（alipay）最初作为淘宝网公司为了解决网络交易安全所设的一个功能，该功能为首先使用的“第三方担保交易模式”，支付宝于2004年12月独立为浙江支付宝网络技术有限公司，由阿里巴巴公司创办。“百付宝”是由百度在2008年9月25日晚8点正式推出的C2C支付平台。北京百付宝科技有限公司（以下简称百付宝公司）由全球最大的中文搜索引擎公司百度所创办，是中国领先的在线支付应用和服务平台。两者基本没什么区别，不过支付宝运用更广些，除了支持淘宝网交易外还支持很多业务，如叫话费，水电费，网费等，用的人也多些所以支付宝更好些吧
百付宝和支付宝的功能一样，就是一个是淘宝的一个是有啊的，2个不同网站